サブレベルを読み込んだらパージスタントレベルも明るくなるのを防ぎたい

解決策というよりはレベルの扱い方の話になりますが

背景物が一切ない当たり判定やゲームシステムだけのレベル（パーシスタントレベル）

┗背景・ライトのみの背景用レベル（サブレベル）

というように役割をしっかりと分けることが重要です。（おそらく現在はパーシスタントレベルにライトが、サブレベルに背景が、というちぐはぐな状態のために作業がしにくくなっている）

そうすることで問題となっているサブレベルを開いているときに暗くなる問題はなくなるはずです。