パッケージ化したゲームの画面がチラつく

画面の途中からズレて見える現象なら所謂ティアリングだと思います。垂直同期の途中で画面が更新されるためにズレて見える現象です。その場合は垂直同期を取るように設定すれば解消されます。
コマンドプロンプトから
r.vsync 1
で垂直同期を取るモードになります。