特定のビルドだけプラグインを無効にする方法

はい。おっしゃる通りこちらで確認した際にUsePakFileはオフにしていました。

オンにして確認した結果、ファイルサイズに差が出ていたので何かしら影響があるのは把握できたのですが、具体的な中身が分かりません。

不勉強で申し訳ないのですが、.pakファイルに含まれるアセットを確認する方法を教えていただけますでしょうか?

また、今回のブラックリストによる対応だとプラグインを導入するプロジェクト毎に設定をしなければならないと思うのですが、プラグイン内の設定だけで対応することはできないでしょうか?

重ね重ね恐縮ではございますが、よろしくお願いします。