お世話になっております。
特定のプラグインをShippingビルドでロードさせたくない場合は、「プラグイン」にあるTypeをDeveloperやEditorなどに変更してください。ただしこの場合はパッケージには含まれることになります。
次に特定のプラグインをShippingビルドのパッケージから取り除く場合は、「パッケージ化したゲームのサイズを小さくする方法」の「ブラックリストをパッケージ化する」をご参考下さい。ブラックリストでは特定のビルドでパッケージに含むアセット(及びフォルダ)を指定することができます。
例えばWindowsのShippingパッケージで特定のPluginを除外するケースでは、 PluginTest\Build\Win64(WindowsNoEditorではない)の配下に PakBlacklist-Shipping.txtを作成して、その中にPluginまでのパスを記述してください(例： ../../../PluginTest/Plugins/MyPlugin/)。
ビルド構成を問わずにパッケージから除外する場合は、Pluginsからプラグインそのものを無効にするか、ProjectSettingsのDirectries to never Cookからプラグインフォルダを指定することができます。
よろしくお願いします。