お世話になっております。
調査を進めた所、どうやらUE4.9(2015年頃)に以下の不具合を解決するために入ったコードのようです。
CLは 2553803 です（もしかすると、ライセンシ様には見えないCLかもしれません）。このCLで SerializeNewActor関数における bSerializeScale, bSerializeVelocityの対応が入ったことで、デフォルト値から変化のないScale, Velocityが無駄にReplicateされる問題が回避されました。
本題であるなぜSpawnActorAbsoluteにScaleが入っていないのかに関してですが、残念ながら当時の実装者が既に退職済みのため、当時どのような意図でそのように実装したかを確認することができませんでした。ただコードの変更履歴を追った所、現在のSpawnActorAbsoluteを使ったコードの前はSpawnActorが使われており、さらに実装当時はSpawnActorはLocation, Rotationしか指定できなかったようです。そして、その事情を知らない別の担当者がSpawnActorからSpawnActorAbsoluteに変更したことで、現在のScaleだけ再設定する形になってしまった可能性が高いかと思います。
おそらく、SpawnActorAbsoluteにてScaleを設定しても問題ないかとは思うのですが、Actor->SetActorScale3Dを削除することによる影響で何か別の問題が発生するかもしれません。もしUpdateOverlapが呼ばれることが問題になっている場合は、UpdateOverlapsを呼ばないSetActorScale3Dを別途用意することもご検討頂けますと幸いです。
よろしくお願いいたします。