ダメージ処理の後に「Delay」ノードを繋げて、任意の時間後にResetされるようにして見てはいかがでしょうか。この方法であれば、いわゆる無敵時間を再現できるのではと考えています。
しかし、仮に無敵時間を作るのであればアニメーションやキャラの点滅(必要であれば)などとの同期が必要となる可能性もあるので、「この方法が絶対にいい！」とは言い切れませんが…
とはいえ、「短時間の複数回ヒットによるダメージ処理の過多を無くしたい」という点のみに着目する場合においては、上記の方法でも解決できるかなと思います。