AnswerHubは意見を募る場所じゃないと思います…というのを前置きしておきますね。
個人的にはとりあえず思うようにやってみて、それで解決できない問題が出た場合に質問してもらえば良いと思っています。
内容から読み取った感じだと解決案は考えてあるようなのですが…違うのでしょうか？
以下、回答します。
武器ごとに設定したい、となるとやはり一番合理的なのは武器ごとに攻撃範囲を設定することでしょう。
攻撃のタイミングで武器に攻撃範囲の発生を指示する、という形になります。
モーションごとに分けたいなら、モーションを区別できるような変数（Enum等）を与える必要がありますね。
攻撃範囲が特定できるのであれば、Collisionにこだわらず、Traceで対処する、というパターンも考えられますね。
一度の攻撃で複数回Hitしないようにする方法を考える必要はありますが、パラメータで制御できるため、
攻撃範囲のパターン次第ではComponent化して共通化することもできるかと思います。
上記、参考になれば幸いです。