一度Contentフォルダにいれてから希望するフォルダに移動するか、最初から想定している階層構造にしてContentフォルダに移行するしか無いと思います。
確か移行する際にContentフォルダでない場合は警告がでたはずです。おそらくパスを通す処理がContentフォルダを基準に処理しているんだと思います。
移行する時は、上にあげたことしかしてないですね。Contentフォルダに置いてから好きな階層に移動させるほうが多いかもです。たまに移動させた後に空のフォルダが消えずに残ったりしますが、エクスプローラから直接消してます…