佐々木さん、ご指摘ありがとうございます！
4.7から、Windowsが日本語モードの場合でコンソールキーにチルダが設定されている場合、@キーもコンソールキーとして追加するように変更されました。
具体的な修正箇所は Engine/Source/Runtime/Engine/Private/UserInterface/InputSettings.cpp (44) 近辺のvoid UInputSettings::PostInitProperties() 内の LANG_JAPANESE の部分になります。
よろしくお願いします。