データが重くなってきたとは、動作が重くなったということでしょうか？それとも.tmデータ自体の容量が重くなってきたということでしょうか？ .tmデータ自体の容量が重くなってきたということでしたら、不要なオブジェクト・マテリアル・テクスチャーを整理したり、テクスチャーのサイズを小さくするなどするしかありませんが、書かれているような一括削除は今のところできないかと思います。 どのソフトウェアにも言えることではありますが、不要なオブジェクトはコンテナ（フォルダ）に纏めたりデータを整理しながら作業をすることが大切かと思います。 動作が重いということであれば、重い要因として考えられるよくある事例としてはライトの量も考えられます。 影がONになっているライトが大量に配置されていると、FPSが落ちて動作が重くなりがちです。ライトの整理や不必要に影をONにしないなど対策が必要かと思います。 また、動作に関してはお使いのPCに似合った描画品質設定も重要です。作業中は品質を落としして作業したり快適に作業できる環境で使用するようにしてください。 そうすれば、メディアの削除も快適に行えたり、不要なクラッシュも軽減できるかと思います。