皆様回答ありがとうございます。タイヤのめり込みについては何とか改善できました。
カスタムシェイプだけでなく大型の基本コリジョンでもめり込みが発生したので、どうも重量の問題だったらしく1000kg近くあるボディを100kgに減らしたところ正常なシミュレーションが行えるようになりました。車重としては軽すぎますが、コンポーネントのMassScaleで対応することにします。
一方エラーについてはまだ改善できていません。指摘されたルートボーンへのボディの設定や、フォーラムに上がっていたルートボディをKinematicにし、それ以下の階層でシミュレーションを行う方法やBeginPlayからシミュレーションを有効にする方法なども試しましたがエラーは止まりませんでした。
ただWheeledVehiclePawnで作ったところエラーは出なかったので、何かしら専用の調整がされているのかもしれません。
お力添えありがとうございました。