私も同様の問題が気になっていたので解決策を探してみました。
私の場合、UE5.1.1上で、以下の設定で問題が解決しました。
PrintStringなど、Development Only 設定のノードがShipping設定のパッケージングでも動作してしまうのを防ぐには、
Project Setting → Engine → Cooker → 「Compile Blueprints in Development Mode」 が デフォルトではONになっているので、OFFに変更する
ことで解決しました。
【参考】
https://shuntaendo.hatenablog.com/entry/2022/04/14/210000
また、コンソールコマンドが使えてしまう問題については、
こちらのツイートと記事を参考に、C++クラスを追加することで解決できました。
また同時に、ゲームの初回起動時に「このアプリの機能のいくつかがWindowsファイアウォールでブロックされています」というセキュリティ警告が表示されてしまう問題についても解決しました。