これらの問題のような気がしますが修正済みとなっていますね
- Blueprint "Array Get by Reference", and edit struct elements directly - #28 by Everynone
- Blueprint "Set Members in Struct" should work with Arrays
- Unreal Engine Issues and Bug Tracker (UE-6451)
触ってみた感触ですが、普通の配列変数に対してGet(a ref)は機能するものの、Make Array ノードで作成された配列はその時点で値がコピーされて参照扱いにならない(…ような気がする)ためこのような現象が発生するものと思われます