Es un problema conocido y muy molesto…
Yo lo tuve durante un tiempo también
Simplemente cancela y no salves esos mapas temporales… (solo salva los archivos que te interesan).
-No borres archivos usando el explorador de Windows.
-Cuando borres algo ejecuta Fix Rediretors & Resave All
Si el problema continua “migra” los archivos de tu proyecto a un proyecto nuevo.
Todas esas opciones las tienes haciendo click derecho encima de la carpeta en el árbol de directorio ( a la izquierda).
Saludos!!