「全PlayerStartをログに出す」というところが自分で調べてもわからず教えていただくことは出来ますでしょうか？
例えば以下のPrintoutStartPointsのようなことです。
実行してPrintoutStartPointsでログをフィルタするとこのようになります
画像で見切れていますが、Test_SubLevel2のLoadStreamLevel後にもう一度PrintoutStartPointsを実行しているので、その分がログに出ています。
ログに出ている各PlayerStartの所属Levelは以下の画像の通りです（Actorの所属LevelはOutlinerのカラム部分を右クリックして出るメニューから表示追加できます）
自分でログというところを見てみたところ写真のようにwarningがみつかってもしかしてこれが原因かもと思っております。
こちらでは出ていないので確かにこれが原因かもしれませんね。
とりあえずサブレベルだけ最小構成（PlayerStartだけの状態）で新規に作り直して検証されてはいかがでしょうか？
※ちなみに自分がやったLevelの作り方は、ContentBrower上でCtrl+Nを押してEmptyLevelをCreateしました。
それでも駄目ならPersistentLevelも新規作成して検証を進めてみると宜しいかと思います。