ご回答ありがとうございます！無事設定できるようになりました！
こちらで編集したDefaultDeviceProfiles.iniはBaseDefaultDeviceProfiles.iniの
[/Script/Engine.TextureLODSettings] セクションにあるTextureLODGroupsをオーバーライドしたかったので、
同じセクション名を記述して設定ファイルを作っておりました。
ご教示いただいたように各ターゲット用のセクションに記述することで設定が反映される様になりました。