Eu não compilei nada em HTML 5, mas a Unreal tem uma página de documentação explicando o processo.
Você já deu uma olhada nela?
https://docs.unrealengine.com/latest/INT/Platforms/HTML5/GettingStarted/index.html
Esse link também pode te ajudar: Help with setting up HTML5 for UE 4.1.0 through Github - Programming & Scripting - Unreal Engine Forums