情報ありがとうございます。
これにそって作っているので、秘密鍵がないわけではなさそうです。
https://api.unrealengine.com/JPN/Platforms/iOS/QuickStart/3/index.html
キーチェーンで見ても証明書にネストされて、秘密鍵があるので大丈夫そうな気がします。
Bundle Identifierも見ましたがワイルドカードを使用しており、一致しているように見えます。
Unityで作ったXCodeのプロジェクトには使えるプロビジョニング プロファイルを使っているので、UE4によるトラブルに思えるのですが、まだ原因が見つけきれてないです。