ご返信ありがとうございます！
Alphaの精度をどうにかしたい、というのが主目的でしたのでETC2でなくASTCでも大丈夫です。
早速ですが、BaseEngine.iniを改変してASTCにて圧縮する事ができました。
また、圧縮率の設定箇所も親切に教えて下さりありがとうございました。
なお以下はASTC圧縮を行う人のために、情報共有を記します。
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iOSにおけるASTCはハード制限があります。具体的には、iPhone6以上の機種が必要です。
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公式ドキュメントでは「モバイル用の圧縮設定はdefaultとnormalのみを推奨」と書いてありましたが、実際はBC7でもASTCに圧縮してくれるようです。（ハイエンドとテクスチャを共用できるので、管理が一元化できて楽です）
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なお私が試した限りでは、default, mask, normal, BC7の4つの圧縮設定のみがASTCとして圧縮してくれました。それ以外の圧縮設定は、圧縮工程をスルーされましたので、ハイエンドとモバイルの共用テクスチャの際には注意が必要です。
以上、情報共有でした。