Importing FBX files reorients mirrored objects

Hola!
Tengo el mismo problema. Pero lo pude resolver.
El problema está en que se pierde la referencia de coordenadas. Para que esto no suceda debes emparentar el objeto problematico a un padre.
Una vez hecho esto no tendrás ese problema. Y funciona incluso con animaciones y esqueletos.
Saludos,