Hola, te recomiendo que te descargues este el plugin F.C.S Tools Box de esta página http://www.fieldcreatorsstudios.com/forum/viewtopic.php?f=25&t=528, al momento de exportarlo de manera nativa desde C4D te exportará todo el contenido y no de manera individual, con el plugin podrás seleccionar los elementos a exportar y lo hará de forma individual.
En cuanto a los elementos perdidos ha de ser porque tienen el mismo nombre y dentro del UE4 los tomará como si fuese el mismo elemento. para esto procura de no repetir nombres desde tu modelado del nivel.