Blueprintのマージはできないものと考えてください
競合の起きにくいワークフローとして、 同じBlueprintを複数人で編集しない というルールを設けています
ゲームジャム等ではもっと簡易に、ユーザーごとのディレクトリを作成し、その中のみで編集を行い、あとで持ち寄って誰かが結合作業を行う、といったワークフローが取られることもあります
UE4でのSourceControlはSubversionまたはPerforceがサポートされています
Git対応も存在はするもののUE4.22時点で未だベータ版であり、競合の解決も容易ではないため、推奨されてはいません
Gitの性質上、大容量のバイナリファイルを何度も更新する用途には向かない、という側面もあります
GitLFSなら問題ないのでは？と思うかもしれませんが、これも簡単に使えるわけではなく、その上不都合もあるようです
ですので、UE4の開発ではSubversionかPerforceが推奨されています
これらのVCSはファイル単位でロックすることが可能で、作業の競合が発生しづらくなっています
Perforceは有料ですが高速に動作するため、大規模な案件ではPerforceを検討することが多いです
個人や小規模チームではランニングコストの低いSubversionをおすすめしています