お世話になっております。
回答が遅くなり大変申し訳ありません。
まず弊社タイトルのAndroid版では /Script/AndroidRuntimeSettings.AndroidRuntimeSettings における bUseChangeListAsStoreVersion と IsBuildMachine を有効にすることでStoreVersionの設定を行っています。すでに確認済みかもしれませんが、 UEDeployAndroid.cs の GetStoreVersion にてその処理が実装されています。
そして、BuildMachineがうまく動作しなかった理由に関しましては、おそらくですがバージョン情報を格納している Engine\Build\Build.version は以下の方法でしか更新されないことが原因かと思います。
- 手動編集
- コマンドレット「UpdateLocalVersion」
- UnrealGameSync
参考：Versioning of Assets and Packages in Unreal Engine | Unreal Engine 5.1 Documentation
Build.version内に格納されているバージョン情報に関しましては、コマンドレット「UpdateLocalVersion」における各処理をご確認頂くのが良いかと思います。具体的には、Engine\Source\Programs\AutomationTool\Scripts\UpdateLocalVersion.Automation.cs における処理です。
上記を踏まえて質問1,2への回答1,2は以下の通りです。
回答1：大変申し訳ないのですが用意されていません。
回答2：おそらく問題ないかと思います。
すでにご対応済みの対応で問題ないかとは思いますが、もしBuildMachineを使用する形に切り替えることになりその過程でご不明な点などが発生した場合はご質問頂けますと幸いです。
よろしくお願いいたします。