追記です：
buildmachineオプションはうまく動作させる方法がわからなかったので、ひとまず、iOSはUE4のデフォルト挙動を利用し、Androidは別途カウンタ保存用のファイルを用意し、ビルド開始前にインクリメントした値をDefaultEngine.iniに書き込むことで目的の挙動を達成できました。
（なお、iOSのBundleVersionのカウンタ保存用に.PackageVersionCounterファイルが生成され、そこに記録される、ということも把握できました）
もし他に良い方法があれば教えていただけると助かります。