お送りいただいた文面だけですと、エクスポートしたFBXデータに原因があるのかTwinmotionに原因があるのか判断できないかもしれません。
また、一部表示されない現象もポリゴンが欠けているのか、オブジェクト単位で消えているのかなど詳細によって原因・解決方法が違う場合があります。
Civil3D・NavisWorksとも使用していないので詳しくはわかりませんが、別ソフトでFBXデータを読み込むなどして検証してもよいかもしれません。
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