It really seems to be caused by bad dependencies. This is what I got from WACK:
A API getenv em api-ms-win-crt-environment-l1-1-0.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API InitializeSecurityDescriptor em advapi32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API RegCloseKey em advapi32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API RegOpenKeyExA em advapi32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API RegQueryValueExA em advapi32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API SetSecurityDescriptorDacl em advapi32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API CreateFileA em kernel32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API CreateFileMappingA em kernel32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API GetACP em kernel32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API GetCurrencyFormatW em kernel32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API GetDateFormatW em kernel32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API GetGeoInfoA em kernel32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API GetLocaleInfoA em kernel32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API GetLocaleInfoW em kernel32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API GetNumberFormatW em kernel32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API GetThreadLocale em kernel32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API GetTimeFormatW em kernel32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API LoadLibraryA em kernel32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
A API MapViewOfFile em kernel32.dll não é compatível com este tipo de aplicativo. UWP_test.exe chama essa API.
(Nevermind the non-English)
These are very different from the results from a x64 appx, for example (it also fails, but all the errors come from 3rd party dlls that have no business in a shipping UWA like glut32.dll and nvToolsExt64_1.dll). I tried changing the SDK in the Project Settings to 14393, rebuilt Freetype2, libogg, libvorbis and libvorbisfile as actual UWP libraries and did a full rebuild, but the results are the same. Well, it’s some progress at least.
I’ll take a look at the full linker command arguments UBT is using to produce the exe tomorrow to see what’s going on. I’ll also go back through the other 3rd party libraries I built for ARM and make sure they’re all built targeting Windows Store (oh boy, here I go recompiling PhysX again, that takes a while). But I’m in no hurry: I’m mostly doing this because it’s a good opportunity to toy around “porting” UE4 to another platform (sort of, since this is based on the UWP branch) since I cannot rely on pre-compiled 3rd party libraries.
So far it’s nice knowing that everything I need to compile UE4 for a different platform is included (all 3rd party libraries have their source available).