ご返答ありがとうございます。
だいたい伝えたかった内容は伝わったかなと思いますので、あとは実際に実装を担っている方にお任せしたいと思います。
LeaderPoseに関しては今回の変更ではほぼ何も触っておりませんので、申し訳ございませんがこちらもお任せいたします。
最後のコメント読みまして、過去に実装したMasterにアタッチされているコンポーネントの描画メッシュ（LODの段階がある場合は現在のLODの描画メッシュ）に必要な骨を収集してRequiredBoneIndicesに入れる最適化が依然必要ということなのかなと思いました。
ただこの点はエンジン側で行われなくてもアプリ側でHideBoneを使用することでも代替可能ですので、エンジンの処理はこのままでも良いかもしれません。
よろしくお願いいたします。