Solo para cubrir todas las bases podrías intentar hacer el packaging (la creacion del .exe) con el check activado para que incluya el instalador de los prerrequisitos del motor y ver si ese podría ser el problema.
Si eso no es, a mí me ha pasado cosas parecidas cuando de un build anterior no cambie el nombre por default (ahora la carpeta por defecto viene con el nombre Windows) y decidí hacer otro build y sobreescribió el anterior. A sí que podrías intentar cambiar la carpeta donde estás guardando el resultado del build (cuanto más pequeña sea la ruta, mejor, ej. D:\Builds)
Saludos!